وجود میراث عظیم معارف اهل بیت عصمت و طهارت(ع) به‌ویژه آموزه‌های رضوی، گنجینه فقه شیعی و نیز پیشینه تاریخی ارزشمند خطّه خراسان در تربیت مجتهدان و متخصصان علوم دینی حکایت از ظرفیت بی‌نظیری دارد که ضرورت فعال‌سازی و احیای آن با عنایت به بیانات رهبر حکیم و فرزانه انقلاب اسلامی مبنی بر شکل‌گیری حوزه‌های تمدن‌ساز روشن می‌شود. حوزه‌هایی که در گام دوم انقلاب با تربیت فقهای متخصص در اجتهاد و نظریه‌پردازی در باب موضوعات و مسائل مورد نیاز نظام اسلامی، مقدمات پیاده کردن فقه همه‌جانبه اسلامی را در ساختارهای جامعه فراهم آورند. به همین منظور مدرسه عالی فقاهت عالم آل‌محمد(ص) وابسته به تشکیلات بارگاه مطهر امام رضا(ع)، به دنبال تدوین نرم‌افزار تمدن نوین اسلامی با رویکرد فقهی است.
آغاز به کار حلقه‌های چندضلعی علمی ـ اجتهادی
با توجه به نیاز فهم دقیق موضوع و مسئله، امکان بهره‌مندی فرصت کارورزی اجتهادی برای طلاب مدرسه و ایجاد رابطه صمیمی بین استاد و شاگرد حلقه‌های چندضلعی علمی ـ اجتهادی در مدرسه در شاخه‌های تخصصی فقه معاصر و متناسب با نیازهای جامعه و ظرفیت‌های علم فقه برنامه‌ریزی و ایجاد گشته است. محور هر حلقه استاد هادی(راهنما) می‌باشد که مسئولیت علمی طلاب هر حلقه را به عهده دارد.
در سال 1401 چهار حلقه فقه اموال و عقود، فقه اجتماع، فقه جزا و فقه تعلیم و تربیت راه‌اندازی شده است.
جذب هدفمند طلاب نخبه
در سال 1401 پس از رصد اولیه بیش از 500 نفر طلاب نخبه و بررسی سوابق در دو مرحله تعداد 30 نفر دعوت و توسط کمیته جذب مدرسه متشکل از حضرات آیات و حجج اسلام علی‌دوست، تبادکانی، ملکی و الهی خراسانی مصاحبه علمی شدند و تعداد 13 نفر پذیرش شده‌اند. این افراد پس از گذراندن دوره معرفی رشته‌های فقه تخصصی، در حلقه‌های موجود و حلقه‌های جدید جذب مشغول تحصیل و فعالیت اجتهادی خواهند شد.
با هدف جریان‌سازی موضوعات مستحدثه در فعالیت علمی حوزوی و در راستای تقویت مرجعیت علمی مدرسه و به منظور انگیزه‌بخشی و ایجاد نشاط علمی در بین عموم طلاب، در سال 1401 بیش از 40 نشست علمی با عنوان سلسله نشست‌های بر کرانه فقه با حضور اساتیدی همچون حضرات آیات شب‌زنده‌دار، جواد مروی، علی‌دوست، مبلغی و... برگزار شد.
در مدرسه فقاهت، علوم اسلامی منحصر به فقه رایج نیست
این مدرسه با روش حوزوی اداره می‌شود و در سطح عالی، مطالعات علوم اسلامی را دنبال می‌کند. البته علوم اسلامی منحصر به فقه رایج نیست، بلکه تمام زمینه‌های اجتماعی و فردی مورد توجه است. مطابق اساسنامه، موضوع کلی فعالیت این مدرسه، برنامه‌ریزی و اقدامات علمی، آموزشی و پژوهشی در زمینه شاخه‌های فقاهت و رشته‌های تخصصی فقه است و جنبه‌ها و ابعاد اصلی متعددی هم برای آن تعیین شده است.
در این زمینه مواردی مانند مطالعه، تحقیق و تولید نظریات علمی و فقاهتی در راستای تمدن نوین اسلامی، هم‌افزایی و مبادلات علمی فرهنگی با مراکز آموزشی، فرهنگی و تبلیغی آستان قدس رضوی و بهره‌گیری از ظرفیت‌های نهادها و مؤسسات علمی و فرهنگی داخل و خارج از کشور و استادان و محققان حوزه و دانشگاه با تأکید بر ظرفیت‌های منطقه‌ای، برنامه‌ریزی و تشکیل کرسی‌های نظریه‌پردازی، ترویجی، آزاداندیشی، نقد و رونمایی کتاب، مناظره، حمایت از محققان برجسته داخل و خارج از کشور در قالب‌هایی مانند اعطای فرصت مطالعاتی، اعتبار ویژه پژوهشی، حمایت از پایان‌نامه‌ها و رساله‌ها و آموزش‌های تخصصی و فوق تخصصی، پشتیبانی علمی و پژوهشی از آموزش‌های تخصصی و عمومی علوم و معارف اسلامی (از جمله مطالعات اسلامی در علوم انسانی) در حوزه‌های علمیه و دانشگاه‌های داخل و خارج از کشور از قبیل تولید منابع علمی و درسنامه، تدوین مواد و سرفصل‌های آموزشی و برگزاری دوره‌های دانش‌افزایی، مهارت‌افزایی و کارورزی اجتهادی و... ازجمله برخی ابعاد اصلی فعالیت این مدرسه به شمار می‌روند که در اساسنامه آن مورد تأکید و توجه قرار گرفته است.